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Schon im 17. Jahrhundert war der Luftzug bekannt, der aus einem schmalen Spalt im Felsen strömte. Man hatte eine Hütte darüber gebaut, die bis Anfang des Zweiten Weltkrieges als "Kühlschrank" zur Frischhaltung der Lebensmittel diente. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts überredeten einige junge Leute aus der Gegend ein vierjähriges Mädchen, in das Loch zu schlüpfen, das für einen Erwachsenen zu eng war. Das Mädchen legte nur wenige Meter zurück, aber was sie bei ihrer Rückkehr erzählte, machte die jungen Leute neugierig. Sie vergrößerten den Spalt und drangen etwa 20 Meter, auf dem Bauch rutschend, bis zu einem großen Höhlenraum vor. Jedoch bekamen sie es recht bald mit der Angst zu tun und kehrten wieder um.
Eine Erforschung im eigentlichen Sinne fand erstmals 1932 statt, als einige Höhlenforscher aus Florenz 70 Meter tief vordrangen. Sie kamen vor einem Siphon zum Halten, in den der Höhlengang vollkommen eintauchte. Im Jahre 1961 wurde dieser Siphon von einer Gruppe von Höhlenforschern aus Bologna überwunden, die weitere 600 Meter erforschten.
Die entscheidende Expedition, die zur Erschließung der Höhle für Besucher führte, fand schließlich 1964 statt - es war eine Gruppe von Höhlenforschern aus Lucca, die weitere 1110 Meter erforschte und vermaß.
Derzeit sind über 4 km Höhlengänge bekannt und es gibt noch mindestens 30 unbekannte Verzweigungen, die - im wahrsten Sinne des Wortes — im Dunkeln liegen.
Die Arbeiten zur Erschließung der Windhöhle begannen 1965 und wurden erst 1982 beendet (mit dem Dritten Rundgang); der Erste und der Zweite Rundgang wurden jeweils 1967 und 1970 den Publikumsverkehr freigegeben.