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Circa 200 milioni di anni fa, sul fondo di un mare che potremmo far corrispondere all'attuale Tirreno, iniziarono a depositarsi enormi quantità di gusci di conchiglie, di formazioni coralline, di scheletri di pesci, di sabbie, di fanghiglie e di carbonato di calcio precipitato chimicamente per evaporazione dell'acqua. Questi detriti, sebbene in quantità e composizioni diverse, continuarono ad accumularsi, strato su strato, per almeno 170 milioni di anni, formando una massa di migliaia di metri di spessore. L'enorme peso di tale accumulo provoco la compressione e la cementazione dei vari elementi, trasformandolo lentamente in roccia calcarea.
Attorno ai venti milioni di anni fa, forti spinte (movimenti orogenetici), legate alla deriva dei continenti, provocarono il sollevamento di questa massa rocciosa che, fratturandosi intensamente a causa delle potenti sollecitazioni ricevute, emerse dal mare, e formò lentamente le attuali montagne.
L'acqua piovana, precipitando sulla superficie crepacciata della montagna, venne inghiottita immediatamente nel sottosuolo, dove vari rivoli d'acqua si unirono per formare quei ruscelli, quei torrenti e quei fiumi sotterranei che, percorrendo per milioni di anni le fessure, le hanno progressivamente ampliate, trasformandole in quella fitta rete di cunicoli, gallerie, pozzi e sale che costituiscono il complesso sotterraneo della "Grotta del Vento".